Rok szkolny rozpoczął się 1 września. Zorganizowano naukę w 6 klasach (I, II, III, IV, V, VI) ponieważ na początku roku szkolnego były tylko 3 siły nauczycielskie: kierownik szkoły Boszczyk Władysław, nauczyciele: Dębicka Jadwiga, Dorynek Irena. Na skutek powrotu z dniem 15 września 1943 do tutejszej szkoły nauczycielki Kowalskiej Kamili nastąpiła nowa organizacja pracy. Było znowu 7 klas.

Na skutek choroby i urlopu nauczycielki Dębickiej Jadwigi z dniem 23 listopada 1943 r. nastąpiły zmiany w organizacji pracy szkoły. Od września 1943 r. objął nauczanie religii w tutejszej szkole ks. Kozioł Władysław. Rok szkolny zakończył się w czerwcu 1944.

W czasie okupacji niemieckiej była jeszcze druga wizytacja tutejszej szkoły przez radcę szkolnego Gauera. Zaczęła się od przepatrzenia prywatnego mieszkania kierownika szkoły, który mieszkał w tym samym budynku, w którym mieściły się izby szkolne. Unikano w lekcjach rozmów i wypowiadania się swobodnego dzieci na różne tematy z obawy przed okupantem. Nauka odbywała się bez żadnych podręczników. Pewna ilość podręczników, map i obrazów do historii i geografii, tak samo pewna ilość książek z biblioteki szkolnej tutejszej szkoły zostały odesłane do Urzędu Szkolnego w Kielcach na skutek zarządzenia władz szkolnych niemieckich. Posłano tak dla oka, aby nie ściągnąć na siebie uwagi, a nawet kary. Pewną ilość podręczników schowały dzieci, obrazy z „Ilustracji Szkolnej” do historii, geografii i języka polskiego, jak również przyrządy do nauki przyrody (fizyki i chemii) przechowywano częściowo u kierownika szkoły Boszczyka Władysława i nauczycielki Dorynek Ireny na strychu i w mieszkaniu. Najcenniejsze książki z biblioteki szkolnej przechowywano u miejscowego ks. proboszcza Kurczaba Jana.

Nadszedł wrzesień 1944. Nauczycielstwo tutejszej szkoły czekało na jakieś polecenia szkolnych władz niemieckich, co do rozpoczęcia nowego roku szkolnego 1944 – 45.
I przyszło. Ale treść jego mówiła, że nauki w szkole nie będzie, nauczycielstwo będzie zajęte w urzędzie gminnym, względnie w miarę potrzeby może być zatrudnione przy kopaniu okopów.

W pierwszych dniach września  1944 r. zjechali do tutejszej wioski Kałmucy, którzy z polecenia władz niemieckich w dniu 13 września zabrali wszystkich mężczyzn i krowy z całej okolicy. Został tylko ten, kto zdołał skryć się uciec. Władze niemieckie miały siedzibę w budynku szkolnym. Zabranych mężczyzn również tam trzymano.

13 września – był to „sądny” dzień, inni nazywali „czarny” dzień dla Zagnańska i okolicy. Grozy tego dnia nie jestem w stanie opisać. Płacz kobiet, dzieci, ryk krów, dzikie krzyki i bicia Kałmuków… Po południu ustawiono w szeregi mężczyzn z krowami i popędzono ich do Kielc. Był do Zagnańska przyprowadzony kierownik szkoły z Tumlina Małecki Aleksander (swego czasu pracował w Zagnańsku). Tu został zwolniony i powrócił do domu, tylko dzięki temu, że dogadał się z Kałmukiem, że jest nauczycielem. Kałmuk twierdził, że też jest nauczycielem i dlatego go puścił.

O mało nie został zabrany ówczesny kierownik szkoły Boszczyk Władysław. W ostatniej chwili został.

W dniu 15 września 1944 r. zjechał do Zagnańska Sztab IV Armii niemieckiej. Budynek szkolny został zajęty. Oprócz tego żołnierze kwaterowali po całej wsi.

W dniu 21 października 1944 urządzili Niemcy „łapankę” w Zagnańsku, podczas której został zabrany ówczesny kierownik szkoły Boszczyk Władysław i wywieziony (wraz z dwoma córkami) do kopania okopów w okolicach Włoszczowej. Przebywał tam w obozie jeden miesiąc. W dniu 20 listopada powrócił do domu. Zdrowie jego było poważnie nadszarpnięte. W końcu został zwolniony.

Sztab IV Armii niemieckiej przebywał w Zagnańsku do dnia 15 stycznia 1945 roku.